Free

Долгая жизнь с муковисцидозом

Text
Author:
Mark as finished
Font:Smaller АаLarger Aa

Глава 3
Усложнение проблем, обусловленных МВ: новые инфекции, нетуберкулезные микобактерии и грибковые

Anne Prevotat, Marianne Skov, Tacjana Pressler


Введение

При муковисцидозе (MB) сложность заболевания меняется по мере увеличения ожидаемой продолжительности жизни популяции пациентов. Помимо классических легочных инфекций, вызванных Staphylococcus aureus и Pseudomonas aeruginosa, важными факторами, влияющими на течение болезни, стали другие патогенные микроорганизмы, в том числе нетуберкулезные микобактерии и грибы. В настоящей главе описываются эти новые патогенные микроорганизмы, инфицирующие легкие при MB, и обсуждаются проблемы, которые они создают для клиницистов и пациентов.

1. Новые инфекции

Специфическая подгруппа микроорганизмов, которые обычно инфицируют нижние дыхательные пути лиц, страдающих MB, со временем претерпела эволюцию. Когда в 1938 г. MB впервые был признан отдельной нозологической формой, его связывали преимущественное легочными инфекциями, обусловленными S. aureus[213][214]. После появления пенициллина детям с MB и стафилококковыми инфекциями впервые стали назначаться эффективные противомикробные препараты, при этом были получены впечатляющие клинические ответы[215]. В 1950-е и 1960-е гг. важным патогенным микроорганизмом при MB был признан P. aeruginosa[216]. Организмы комплекса Burkholderia cepacia, ранее именовавшиеся Pseudomonas cepacia, стали известными в 1970-е гг., и они обусловливали быстрое снижение функции легких и повышение смертности[217]. С годами было достигнуто значительное увеличение ожидаемой продолжительности жизни при MB, но такое долголетие сопровождалось выявлением все более широкой и сложной группы микроорганизмов, которые инфицируют дыхательные пути при MB, изменяя эпидемиологию инфекции дыхательных путей у пациентов, страдающих MB[218][219].

Помимо развития мультирезистентности патогенных микроорганизмов, часто встречающихся при MB, таких как P. aeruginosa, все более распространенными становятся несколько новых, изначально резистентных видов грамотрицательных микроорганизмов, таких как Stenotrophomonas malto philia, Ach ro то bacter (Alcaligenes) xylosoxidans, некоторые виды Ralstonia и микробы нового рода Pandoraea. Многие из этих патогенных микроорганизмов являются близкородственными и имеют сходные фенотипы, что делает затруднительной точную их идентификацию лабораторными методами; в то время как некоторые выступают безусловно патогенными[220][221], роль других в патогенезе заболевания легких при MB еще не ясна.

1.1. Комплекс Burkholderia cepacia

Когда в 1992 г. род Burkholderia получил свое название, он состоял из семи видов. С тех пор в ходе дальнейших таксономических исследований были идентифицированы многочисленные дополнительные виды Burkholderia[222]. В настоящее время род включает более 60 видов, большинство из которых обнаружены в природной окружающей среде и не являются патогенными для здоровых людей. Однако несколько видов способны вызывать хронические и часто тяжелые инфекции дыхательных путей у людей, страдающих MB[223][224].

По имеющимся данным, распространенность (в 2010 и 2012 гг.) хронической инфекции, вызванной Burkholderia, в популяции пациентов с MB, посещающих различные центры по лечению MB, варьируется от 0 до 13 %[225][226]. Примерно у 20 % пациентов с MB, инфицированных Burkholderia, этот микроорганизм вызывает летальное заболевание, называемое «цепация-синдромом». При этом синдроме у пациентов развиваются инфекции дыхательных путей с быстрым снижением функции легких и частой бактериемией, что очень необычно для пациентов с MB. Полагают, что видом, входящим в этот комплекс и являющимся основной причиной цепация-синдрома, является В. cenocepacia, хотя с синдромом также связывали В. multivorans и В. dolosa[227][228]. В. cenocepacia или В. multivorans выделены в 80 % случаев инфекций, вызванных комплексом В. cepacia у пациентов с MB[229]. Все эти клоны могут передаваться от человека к человеку, хотя многие пациенты имеют уникальные клоны, которые, вероятно, могли быть получены из окружающей среды[230][231]. Признание эпидемического распространения и увеличение смертности, связанной с эпидемическими штаммами, привели в 1990-х гг. к политике строгой сегрегации в отделениях клиник[232][233].

 

Поскольку В. cepacia и В. multivorans коррелируют с более быстрым снижением функции легких и высокой смертностью и часто являются панрезистентными к противомикробным препаратам, для пациентов с MB, инфицированных этими бактериями, методом лечения, спасающим жизнь, обычно считалась трансплантация легкого. В последующем было выявлено, что у больных, страдающих MB, с хронической инфекцией, вызванной В. cenocepacia, смертность после трансплантации легких была выше по сравнению с пациентами с MB, перенесшими трансплантацию, но инфицированными другими бактериями. У некоторых больных, инфицированных В. cenocepacia, в ранний посттрансплантационный период развивался сепсис с положительным результатом посева крови[234][235]. В результате большинство центров больше не предлагают трансплантацию легких пациентам с MB, инфицированным В. cenocepacia.

Лечение хронической инфекции, вызванной Burkholderia, является трудным в связи с высоким уровнем резистентности к антибиотикам. Было предложено лечение несколькими антибиотиками в комбинации с иммуносупрессивными препаратами[236]. В недавних исследованиях комбинация ингаляционного амилорида и тобрамицина не позволила провести эрадикацию В. dolosa[237], и не удалось показать эффективность ингаляции азтреонама при лечении инфекции, вызванной этими микроорганизмами[238]. Инфекции, обусловленные комплексом В. cepacia, представляют значительную проблему для клиницистов, занимающихся диагностикой и лечением MB, и пациентов с MB. Проблема контроля и лечения этих инфекций становится все более значимой по мере старения популяции пациентов с MB. Существует очевидная необходимость клинических испытаний с целью оценки эффективности различных схем применения антибиотиков у пациентов с MB, инфицированных микроорганизмами комплекса В. cepacia[239].

1.2. Achromobacter xylosoxidans

Achromobacter xylosoxidans представляет собой обитающую в водной среде грамотрицательную бациллу, которая является патогенным микроорганизмом для организмов-хозяев с нарушением иммунитета. Как и в случае видов Burkholderia и Stenotrophomonas, ее трудно точно идентифицировать, а ее номенклатура является запутанной. В настоящее время распространенность A. xylosoxidans при MB лежит в диапазоне от 2 до 11 %[240], и, по-видимому, она возрастает[241][242]. Сообщалось о перекрестном заражении пациентов с MB, инфицированных и не инфицированных Achromobacter[243][244]. Виды Achromobacter характеризуются множественной резистентностью к лекарственным препаратам даже во время первого инфицирования, и в ходе течения хронической инфекции частым является развитие дальнейшей устойчивости к антибиотикам[245][246].

 

Клиническую значимость инфекции, вызванной Achromobacter, трудно доказать[247], но сообщалось о ее корреляции с острыми обострениями[248]. Хроническая инфекция, обусловленная A. xylosoxidans, коррелировала с повышенными концентрациями провоспалительных цитокинов, сходными с концентрациями, наблюдаемыми у пациентов, страдающих хронической инфекцией, вызванной Burkholderia или P. aeruginosa, что указывает на развитие в организме воспалительной реакции. Опубликовано всего несколько исследований, давших противоречивые результаты, относительно эффектов хронической инфекции, вызванной A. xylosoxidans, на течение болезни легких при MB[249][250].

Однако имеется несколько сообщений о конкретных случаях, в которых описаны пациенты с быстрым снижением функции легких и ухудшением клинического состояния после развития хронической инфекции, вызванной A. xylosoxidans[251][252]. Были выявлены заметные генетические корреляции между штаммами, выделенными у одних и тех же пациентов в разное время, а также корреляция между генетическими профилями штаммов A. xylosoxidans и клиническим течением болезни легких при MB, а также способность штаммов A. xylosoxidans вызывать персистирующую инфекцию[253].

1.3. Stenotrophomonas maltophilia

S. maltophilia представляет собой аэробную грамотрицательную палочку, которая впервые была выделена в 1943 г. и названа Bacterium bookeri. В 1961 г. она формально была классифицирована как Pseudomonas maltophilia, в 1981 г. после дальнейшего таксономического анализа была переименована в Xanthomonas maltophilia и наконец, в 1993 г., повторно классифицирована как S. maltophilia. Распространенность S. maltophila варьирует от 3 до 20 %[254]. Такая вариабельность распространенности может отражать различия в способности идентифицировать организм в разных клинических лабораториях. Неясно, просто ли S. maltophilia колонизирует легкие людей с MB без развития неблагоприятного эффекта, или микроорганизм вызывает истинную инфекцию, ведущую к воспалению легких и клиническому ухудшению. Применение стероидов или антисинегнойных препаратов, включая хинолоновые антибиотики и ингаляционные аминогликозиды, определено как фактор риска заражения S. maltophilia. При исследовании эффекта вызванной S. maltophilia хронической инфекции, производимого на функцию легких и клиническое состояние пациентов с MB, результаты оказались противоречивыми: установлено, что у больных с хронической инфекций, обусловленной S. maltophilia, имеют место более низкие уровни функции легких и повышенный риск обострения заболевания легких по сравнению с контрольными лицами, не страдающими хронической инфекцией, вызванной S. maltophilia, однако не был продемонстрирован отрицательный клинический эффект, связанный с развитием хронической инфекции, обусловленной S. maltophilia.

1.4. Другие микроорганизмы

Иногда в секрете дыхательных путей пациентов, страдающих MB, выявляют ряд других микроорганизмов. Некоторые из них представляют собой бактерии, обитающие в окружающей среде, которые редко вызывают инфекции, в то время как другие являются компонентами нормальной микрофлоры человека.

1.4.1. Pandoraea apista

Pandoraea представляет собой недавно описанный род грамотрицательных бацилл, обитающих в окружающей среде. Видом, наиболее часто ассоциированным с MB, является Р. apista, хотя у пациентов с MB при посеве также были выделены другие виды[255]. Имеются ограниченные данные о клиническом значении инфицирования Pandoraea у пациентов с MB, но эту бактерию связывают с хронической инфекцией, распространением от пациента к пациенту и быстрым ухудшением состояния легких[256][257][258].

1.4.2. Inquilinus limosus

Род Inquilinus был описан в 2002 г. после всесторонней таксономической оценки изолятов из мокроты пациентов с MB[259]. Этот организм способен к хронической персистенции в дыхательных путях пациентов с MB и может приобретать мукоидный фенотип. В одном исследовании образцов мокроты, взятых у детей и взрослых с MB, распространенность I. limosus составила 4,9 % у взрослых и 1,2 % у детей[260]. Клиническое значение данной бактерии остается неясным, но в одном сообщении первичное инфицирование I. limosus коррелировало с ухудшением состояния дыхательных путей у одного пациента[261][262].

1.4.3. Ralstonia spp.

Другая группа грамотрицательных бацилл, иногда выделяемых у лиц, страдающих MB, принадлежит к роду Ralstonia. И в данном случае идентификация этих бактерий может быть проблематичной, но существует перспектива, что новые молекулярные подходы дадут более удовлетворительные результаты[263]. Клиническое значение бактерий Ralstonia при MB остается неясным.

1.4.4. Анаэробные бактерии

В секрете дыхательных путей при MB напряжение кислорода является низким[264][265], что указывает на наличие ниши, пригодной для роста анаэробных бактерий, и в ряде сообщений указано, что анаэробные бактерии действительно присутствуют в дыхательных путях при MB[266]. Все микроорганизмы, обычно считающиеся принадлежащими к нормальной микрофлоре ротоглотки (Prevotella, Veillonella и группа Streptococcus anginosus), обнаруживаются в дыхательных путях пациентов с MB[267]. Микробные сообщества являются удивительно стабильными, даже после повторных курсов противомикробной терапии[268]. Анаэробы, выявленные в мокроте путем секвенирования, коррелировали с меньшей выраженностью воспаления и лучшей функцией легких по сравнению с Pseudomonas на раннем этапе обострения[269]. Необходимы новые терапевтические подходы, нацеленные на модулирование бактериальных сообществ дыхательных путей, и они могут привести к большей эффективности лечения болезни легких при MB[270][271].

1.5. Заключение

Увеличение ожидаемой продолжительности жизни пациентов, страдающих MB, привело к усложнению заболевания органов дыхания и появлению новых патогенных микроорганизмов. Принципы лечения очень сходны с таковыми, используемыми при инфекции, вызванной P. aeruginosa. Необходимо подчеркнуть важность клинического ответа на антибиотики независимо от чувствительности к антибиотикам[272].

2. Нетуберкулезные микобактерии

Все большее признание получает клиническое значение нетуберкулезных микобактерии (НТМ) при MB. Исследования распространенности показали, что на комплекс Mycobacterium avium (MAC) и комплекс Mycobacterium abscessus приходится 95 % обнаруживаемых НТМ. НТМ представляют собой микроорганизмы, повсеместно встречающиеся в окружающей среде, их классифицируют как «медленно» и «быстро» растущие микроорганизмы. М. avium является медленно растущей НТМ. Быстро растущие микроорганизмы (менее чем за 7 дней) включают М. abscessus и М. chelonae, называемые комплексом М. abscessus, в который входят собственно М. abscessus, подгруппа massiliense M. abscessus и подгруппа bolletti M. abscessus[273]. Передача НТМ от человека к человеку традиционно считалась маловероятной; одни и те же изоляты, выявленные у различных пациентов одного центра, могли быть обусловлены непрямой передачей через окружающую среду. Стандартные рекомендации по частоте контроля на НТМ отсутствуют, но было бы полезно проводить контрольное исследование на эти организмы при каждом визите, особенно у подростков и взрослых.

2.1. Распространенность

В 2003 г. первое многоцентровое исследование распространенности у пациентов с MB в США показало, что частота обнаружения НТМ в мокроте составляла 13 % [68, 69]. В 2010 г. по данным одноцентрового исследования в Северной Каролине распространенность составила около 11 %[274].

В Европе одноцентровые исследования выявили вариабельную распространенность НТМ, составлявшую от 13,3 % в Германии до 5 % (у взрослых с MB), по данным недавнего исследования распространенности, в Великобритании[275]. Во Франции по результатам многоцентрового исследования сообщалось о распространенности, равной 6,6 %, причем М. abscessus идентифицировали как наиболее часто встречающийся патогенный микроорганизм[276]. Поскольку контроль усилился одновременно с расширением методик лабораторной диагностики, трудно оценить, отражают ли эти показатели увеличение распространенности или повышение способности выделять НТМ.

2.2. Клиническое течение

Часто бывает трудно определить, указывает ли выделение НТМ на колонизацию или на заболевание, которое требует лечения антибиотиками. В 2007 г. Американское торакальное общество (ATS) и Американское общество по инфекционным заболеваниям (IDSA) пересмотрели руководство по диагностическим критериям болезни легких, вызванной НТМ[277]. Критерии включают клинические симптомы и тени в виде инфильтратов или полостей на рентгенограмме грудной клетки или компьютерной томограмме высокого разрешения, что показывает мультифокальные бронхоэктазы с множественными мелкими узелками. Микробиологическими критериями являются положительные результаты посева двух отдельных образцов мокроты или материала, полученного по крайней мере при однократном промывании или лаваже бронхов.

При MB клинические симптомы, такие как увеличение образования мокроты, снижение веса, лихорадка, потливость по ночам или ухудшение функции легких, могут быть обусловлены обострением бактериальной инфекции или аллергическим бронхолегочным аспергиллезом. Когда эти клинические симптомы возникают, несмотря на курсы антибиотиков, вводимых внутривенно, или лечение аспергиллеза, причиной их могут являться НТМ, и это следует учитывать при диагностике.

Установление связи между хронической инфекцией, вызванной НТМ, и клинической тяжестью болезни осложняется многими факторами, которые влияют на ухудшение состояния органов дыхания при MB. Согласно базе данных по 1216 пациентам с MB и 536 изолятам НТМ, в группе с хронической инфекцией, вызванной НТМ, особенно при хронической инфекции, обусловленной М. abscessus, отмечалась более высокая скорость ежегодного снижения функции легких (в процентах от прогнозируемого объема форсированного выдоха за 1 секунду [FEVJ), чем в контрольной группе с корректировкой по FEVi; возрасту, полу, хронической инфекции, вызванной Pseudomonas, недостаточности питания, сахарному диабету, обусловленному MB, и аллергическому бронхолегочному аспергиллезу (АБЛА)[278].

2.3. Факторы риска

Проведенное во Франции исследование типа «случай-контроль» показало, что мишенями М. avium и М. abscessus являются разные популяции лиц, страдающих MB: при диагностике с целью выявления НТМ МАС-положительные пациенты оказались значимо старше, чем пациенты, показавшие положительный результат исследования на М. abscessus (23 года против 17 лет), при этом 75 % пациентов, у которых выявлена колонизация MAC, были старше 16 лет. Прохождение по крайней мере одного курса антибиотиков, назначаемых внутривенно, в течение года до включения в исследование и выделение Aspergillus sp. являлись факторами риска, связанными с М. abscessus. Однако АБЛА не был значимым фактором для инфекции М. abscessus[279]. В базе данных по 1216 пациентам с MB и 536 изолятам НТМ более высокая распространенность S. maltophilia и Aspergillus fumigatus отмечена в группе пациентов, колонизированных НТМ[280]. Другое недавнее исследование по типу «случай-контроль» с участием 30 пациентов с заболеванием, вызванным М. abscessus, которые соответствовали критериям Американского торакального общества[281], не выявило положительной корреляции между болезнью легких, вызванной М. abscessus, и применением ингаляционных препаратов (антибиотиков, рекомбинантной человеческой дезоксирибонуклеазы или стероидов) или азитромицина в низких дозах в течение 4 лет, предшествовавших выделению М. abscessus[282]. В ретроспективном исследовании с участием 12 пациентов, показавших положительный результат посева на НТМ, 6 пациентов соответствовали критериям ATS по заболеванию легких, вызванному НТМ. У всех этих пациентов наблюдалась недостаточность поджелудочной железы, и 6 пациентов прошли длительный курс лечения стероидами системного действия[283]. Однако крупномасштабное исследование распространенности в США не показало, что терапия стероидами системного действия является фактором риска.

Данные по длительному применению азитромицина в качестве противовоспалительного препарата при MB противоречивы. Исследование in vitro выявило, что азитромицин блокировал аутофагосомальный клиренс путем предотвращения ацидификации лизосом. В модельном исследовании на мышах такая алкалинизация аутофагосом нарушала внутриклеточное уничтожение микобактерий и увеличивала выраженность хронической инфекции, обусловленной НТМ[284]. В исследовании, проведенном во Франции, не было выявлено положительной корреляции между заболеванием легких, вызванным М. abscessus, и применением азитромицина в низких дозах в течение 4 лет, предшествовавших выделению М. abscessus[285]. В крупной когорте в США по данным Регистра пациентов, страдающих муковисцидозом, 191 пациента, показавшего положительный результат при посеве на НТМ в 2011 г. и не показавшего такого результата в 2010 г., сравнивали с 5212 контрольными субъектами, имевшими отрицательный результат посева на НМТ в 2010 и 2011 г. Среди подростков и взрослых пациентов, получавших длительную терапию азитромицином в течение наибольшего числа лет, отмечалась меньшая вероятность развития инфекции, вызванной НТМ[286]. Азитромицин может быть даже более эффективным для профилактики инфекций, обусловленных НТМ, среди пациентов, у которых НТМ ранее не выявлялись.

213Szaff M, Høiby N. Antibiotic treatment of Staphylococcus aureus infection in cystic fibrosis. Acta Paediatr Scand 1982; 71: 821–6.
214Hoiby N. Cystic fibrosis: infection. Schweiz Med Wochenschr 1991; 121:105-9.
215Andersen DH. Therapy and prognosis of fibrocystic disease of the pancreas. Pediatrics 1949; 3: 406-17.
216Høiby N. Epidemiological investigations of the respiratory tract bacteriology in patients with cystic fibrosis. Acta Pathol Microbiol Scand В Microbiol Immunol 1974; 82: 541-50.
217Spencer RC. The emergence of epidemic, multiple-antibiotic-resistant Stenotrophomonas (Xanthomonas) maltophilia and Burkholderia (Pseudomonas) cepacia. J Hosp Infect 1995; 30(Suppl): 453-64.
218Lipuma JJ. The changing microbial epidemiology in cystic fibrosis. Clin Microbiol Rev 2010; 23: 299–323.
219Hauser AR, Jain M, Bar-Meir M, et al. Clinical significance of microbial infection and adaptation in cystic fibrosis. Clin Microbiol Rev 2011; 24: 29–70.
220Courtney JM, Bradley J, Mccaughan J, et al. Predictors of mortality in adults with cystic fibrosis. Pediatr Pulmonol 2007; 42: 525-32.
221Courtney JM, Dunbar KE, McDowell A, et al. Clinical outcome of Burkholderia cepacia complex infection in cystic fibrosis adults. J Cyst Fibros 2004; 3: 93-8.
222Courtney JM, Dunbar KE, McDowell A, et al. Clinical outcome of Burkholderia cepacia complex infection in cystic fibrosis adults. J Cyst Fibros 2004; 3: 93-8.
223Isles A, Maclusky I, Corey M, et al. Pseudomonas cepacia infection in cystic fibrosis: an emerging problem. J Pediatr 1984; 104: 206-10.
224Tablan ОС, Martone WJ, Doershuk CF et al. Colonization of the respiratory tract with Pseudomonas cepacia in cystic fibrosis.
225Cystic Fibrosis Foundation. Patient registry annual data report 2012. Bethesda: Cystic Fibrosis Foundation; 2012. http://www.cff.org/UploadedFiles/research/Clinical Research/PatientRegistryReport/2012-CFF-Patient-Registry.pdf
226European Cystic Fibrosis Society. ECFS patient registry. Annual data report 2010. Karup: European Cystic Fibrosis Society; 2010. https://www.ecfs.eu/files/webfm/webfiles/File/ecfs_registry/ECFSPR_Report10_v12014_final_020617.pdf
227Lipuma JJ. The changing microbial epidemiology in cystic fibrosis. Clin Microbiol Rev 2010; 23: 299–323.
228Vandamme P, Holmes B, Vancanneyt M, et al. Occurrence of multiple genomovars of Burkholderia cepacia in cystic fibrosis patients and proposal of Burkholderia multivorans sp. nov. Int J Syst Bacterid 1997; 47: 1188-200.
229Lipuma JJ. The changing microbial epidemiology in cystic fibrosis. Clin Microbiol Rev 2010; 23: 299–323.
230Holmes A, Nolan R, Taylor R, et al. An epidemic of Burkholderia cepacia transmitted between patients with and without cystic fibrosis. J Infect Dis 1999; 179: 1197-205.
231Sun L, Jiang RZ, Steinbach S, et al. The emergence of a highly transmissible lineage of cbl+ Pseudomonas (Burkholderia) cepacia causing CF centre epidemics in North America and Britain. Nat Med 1995; 1: 661-6.
232Saiman L, Siegel JD, LiPuma JJ, et al. Infection prevention and control guideline for cystic fibrosis: 2013 update. Infect Control Hosp Epidemiol 2014; 35 (Suppl 1):S1-S67.
233Savant AP, O'Malley C, Bichl S, et al. Improved patient safety through reduced airway infection rates in a paediatric cystic fibrosis programme after a quality improvement effort to enhance infection prevention and control measures. BMJ Quality Safety 2014;23(Suppl1):i73-i80.
234Alexander BD, Petzold EW, Reller LB, et al. Survival after lung transplantation of cystic fibrosis patients infected with Burkholderia cepacia complex. Am J Transplant 2008; 8: 1025-30.
235Murray S, Charbeneau J, Marshall ВС, et al. Impact of Burkholderia infection on lung transplantation in cystic fibrosis. Am J RespirCrit Care Med 2008; 178: 363-71.
236Gilchrist FJ, Webb AK, Bright-Thomas RJ, et al. Successful treatment of cepacia syndrome with a combination of intravenous cyclosporin, antibiotics and oral corticosteroids. J Cyst Fibros 2012; 11:458-60.
237Uluer AZ, Waltz DA, Kalish LA, et al. Inhaled amiloride and tobramycin solutions fail to eradicate Burkholderia dolosa in patients with cystic fibrosis. J Cyst Fibros 2013; 12:54-9.
238Tullis DE, Burns JL, Retsch-Bogart GZ, et al. Inhaled aztreonam for chronic Burkholderia infection in cystic fibrosis: a placebo-controlled trial. J Cyst Fibros 2014; 13: 296–305.
239Horsley A, Jones AM. Antibiotic treatment for Burkholderia cepacia complex in people with cystic fibrosis experiencing a pulmonary exacerbation. Cochrane Database Syst Rev 2012; 10: CD009529.
240Cystic Fibrosis Foundation. Patient registry annual data report 2012. Bethesda: Cystic Fibrosis Foundation; 2012. http://www.cff.org/UploadedFiles/research/Clinical Research/PatientRegistryReport/2012-CFF-Patient-Registry.pdf
241Emerson J, McNamara S, Buccat AM, et al. Changes in cystic fibrosis sputum microbiology in the United States between 1995 and 2008, Pediatr Pulmonol 2010; 45: 363-70.
242Ridderberg W, Bendstrup KE, Olesen HV, et al. Marked increase in incidence of Achromobacter xylosoxidans infections caused by sporadic acquisition from the environment. J Cyst Fibros 2011; 10:466-9.
243Hansen CR, Pressler T, Ridderberg W, et al. Achromobacter species in cystic fibrosis: crossinfection caused by indirect patient-to-patient contact. J Cyst Fibros 2013; 12:609-15.
244Ronne Hansen C, Pressler T, H0iby N, et al. Chronic infection with Achromobacter xylosoxidans'm cystic fibrosis patients; a retrospective case control study. J Cyst Fibros 2006; 5: 245-51.
245Amoureux L, Bador J, Siebor E, et al. Epidemiology and resistance of Achromobacter xylosoxidans from cystic fibrosis patients in Dijon, Burgundy: first French data. J Cyst Fibros 2013; 12: 170-6.
246Jakobsen TH, Hansen MA, Jensen P0, et al. Complete genome sequence of the cystic fibrosis pathogen Achromobacter xylosoxidans NH44784-1996 complies with important pathogenic phenotypes. PLoS One 2013; 8: e68484.
247Raso T, Bianco O, Grosso B, et al. Achromobacter xylosoxidans respiratory tract infections in cystic fibrosis patients. APMIS 2008; 116: 837-11.
248Moissenet D, Baculard A, Valcin M, et al. Colonization by Alcaligenes xylosoxidans in children with cystic fibrosis: a retrospective clinical study conducted by means of molecular epidemiological investigation. Clin Infect Dis 1997; 24: 274-5.
249Kanellopoulou M, Pournaras S, Iglezos H, et al. Persistent colonization of nine cystic fibrosis patients with an Achromobacter (Alcaligenes) xylosoxidans clone. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2004; 23: 336-9.
250Hansen C, Pressler T, H0ibyN,et al. Chronic infection with Achromobacter xylosoxidans in cystic fibrosis patients; a retrospective case control study. J Cyst Fibros 2006;5:245-51.
251Magni A, Trancassmi M, Varesi P, et al. Achromobacter xylosoxidans genomic characterization and correlation of randomly amplified polymorphic DNA profiles with relevant clinical features [corrected] of cystic fibrosis patients. J Clin Microbiol 2010; 48:1035-9.
252Trancassini M, lebba V, Citera N, et al. Outbreak of Achromobarter xylosoxidans'm an Italian Cystic fibrosis center: genome variability, biofilm production, antibiotic resistance, and motility in isolated strains. Front Microbiol 2014; 5: 138.
253Magni A, Trancassmi M, Varesi P, et al. Achromobacter xylosoxidans genomic characterization and correlation of randomly amplified polymorphic DNA profiles with relevant clinical features [corrected] of cystic fibrosis patients. J Clin Microbiol 2010; 48:1035-9.
254European Cystic Fibrosis Society. ECFS patient registry. Annual data report 2010. Karup: European Cystic Fibrosis Society; 2010. https://www.ecfs.eu/files/webfm/webfiles/File/ecfs_registry/ECFSPR_Report10_v12014_final_020617.pdf
255Coenye T Falsen E, Hoste B, et al. Description of Pandoraeagen. nov. with Pandoraea apista sp. nov., Pandoraea pulmonicola sp. nov., Pandoraea pnomenusa sp. nov., Pandoraea sputorum sp. nov. and Pandoraea norimbergensiscomb. nov. Int J Syst Evol Microbiol 2000; 50(Pt 2): 887-99.
256Atkinson RM, LipumaJJ, Rosenbluth DB, et al. Chronic colonization with Pandoraea apista in cystic fibrosis patients determined by repetitive-element-sequence PCR. J Clin Microbiol 2006; 44: 833-6.
257Costello A, Herbert G, Fabunmi L, et al. Virulence of an emerging respiratory pathogen, genus Pandoraea, in vivo and its interactions with lung epithelial cells. J Med Microbiol 2011; 60(Pt 3): 289-99.
258Jorgensen IM, Johansen HK, Frederiksen B, et al. Epidemic spread of Pandoraea apista,a new pathogen causing severe lung disease in cystic fibrosis patients. Pediatr Pulmonol 2003; 36: 439-16.
259Coenye T, Goris J, Spilker T, et al. Characterization of unusual bacteria isolated from respiratory secretions of cystic fibrosis patients and description of Inquilinus limosusgen. nov, sp. nov, J Clin Microbiol 2002; 40: 2062-9.
260Bittar F, Richet H, Dubus JC, et al. Molecular detection of multiple emerging pathogens in sputa from cystic fibrosis patients. PLoS One 2008; 3:e2908.
261Bittar F, Richet H, Dubus JC, et al. Molecular detection of multiple emerging pathogens in sputa from cystic fibrosis patients. PLoS One 2008; 3:e2908.
262Bittar F, Leydier A, Bosdure E, et al. Inquilinus limosus and cystic fibrosis. Emerg Infect Dis 2008; 14:993-5.
263Bittar F, Richet H, Dubus JC, et al. Molecular detection of multiple emerging pathogens in sputa from cystic fibrosis patients. PLoS One 2008; 3:e2908.
264Høiby N., Ciofu O, Johansen HK, et al. The clinical impact of bacterial bio-films, Int J Oral Sci 2011; 3: 55–65.
265Worlitzsch D, Tarran R, Ulrich M, et al. Effects of reduced mucus oxygen concentration in airway Pseudomonas infections of cystic fibrosis patients. J Clin Invest 2002;109:317-25.
266Su S, Hassett DJ. Anaerobic Pseudomonas aeruginosa and other obligated anaerobic bacterial biofilms growing in the thick airway mucus of chronically infected cystic fibrosis patients: an emerging paradigm or "Old Hat"? Expert Opin Ther Targets 2012; 16:859-73.
267Giliigan PH. Infections in patients with cystic fibrosis: diagnostic microbiology update. Clin Lab Med 2014; 34: 197–217.
268Zemanick ET, Harris JK, Wagner BD, et al. Inflammation and airway microbiota during cystic fibrosis pulmonary exacerbations. PLoSOne2013;8:e62917
269Zemanick ET, Harris JK, Wagner BD, et al. Inflammation and airway microbiota during cystic fibrosis pulmonary exacerbations. PLoSOne2013;8:e62917
270Jones AM. Anaerobic bacteria in cystic fibrosis: pathogens or harmless commensals? Thorax 2011;66:558-9.
271Zemanick ET, Sagel SD, Harris JK. The airway microbiome in cystic fibrosis and implications for treatment. Curr Opin Pediatr 2011;23:319-24.
272Smith AL, Fiel SB, Mayer-Hamblett N, et al. Susceptibility testing of Pseudomonas aeruginosa isolates and clinical response to parenteral antibiotic administration: lack of association in cystic fibrosis. Chest 2003; 123: 1495-502.
273Bryant JM,Grogono DM, Greaves D, et al. Whole-genome sequencing to identify transmission of Mycobacterium abscessus between patients with cystic fibrosis: a retrospective cohort study. Lancet 2013; 381: 1551-60.
274Esther CR Jr, Esserman DA, Gilligan R et al. Chronic Mycobacterium abscessus infection and lung function decline in cystic fibrosis. J Cyst Fibros 2010; 9: 117-23.
275Seddon R Fidler K, Raman S, et al. Prevalence of nontuberculous mycobacteria in cystic fibrosis clinics, United Kingdom, 2009. Emerg Infect Dis 2013; 19: 1128-30.
276Roux A-L, Catherinot E, Ripoll F, et al. Multicenter study of prevalence of nontuberculous mycobacteria in patients with cystic fibrosis in France. J Clin Microbiol 2009; 47: 4124-8.
277Griffith DE, Aksamit T, Brown-Elliott BA, et al. An official ATS/ IDSA statement: diagnosis, treatment, and prevention of nontuberculous mycobacterial diseases. Am J Respir Crit Care Med 2007; 175: 367–416.
278Esther CR Jr, Esserman DA, Gilligan R et al. Chronic Mycobacterium abscessus infection and lung function decline in cystic fibrosis. J Cyst Fibros 2010; 9: 117-23.
279Esther CR Jr, Esserman DA, Gilligan R et al. Chronic Mycobacterium abscessus infection and lung function decline in cystic fibrosis. J Cyst Fibros 2010; 9: 117-23.
280Esther CR Jr, Esserman DA, Gilligan R et al. Chronic Mycobacterium abscessus infection and lung function decline in cystic fibrosis. J Cyst Fibros 2010; 9: 117-23.
281Griffith DE, Aksamit T, Brown-Elliott BA, et al. An official ATS/ IDSA statement: diagnosis, treatment, and prevention of nontuberculous mycobacterial diseases. Am J Respir Crit Care Med 2007; 175: 367–416.
282Catherinot E, Roux A-L, Vibet M-A, et al. Inhaled therapies, azithromycin and Mycobacterium abscessus in cystic fibrosis patients. Eur Respir J 2013; 41: 1101-6.
283Mussaffi H, Rivlin J, Shalit I, et al. Nontuberculous mycobacteria in cystic fibrosis associated with allergic bronchopulmonary aspergillosis and steroid therapy. Eur Respir J 2005; 25: 324-8.
284Renna M, Schaffner C, Brown K, et al. Azithromycin blocks autophagy and may predispose cystic fibrosis patients to mycobacterial infection. J Clin Invest 2011; 121:3554-63.
285Catherinot E, Roux A-L, Vibet M-A, et al. Inhaled therapies, azithromycin and Mycobacterium abscessus in cystic fibrosis patients. Eur Respir J 2013; 41: 1101-6.
286Binder AM, Adjemian J, Olivier KN, et al. Epidemiology of nontuberculous mycobacterial infections and associated chronic macrolide use among persons with cystic fibrosis. Am J Respir Crit Care Med 2013; 188: 807-12.