Большие бояре с князьями Шуйскими во главе были против избрания Бориса, опасаясь, по выражению летописца, что «быти от него людям и себе гонению». Надобно было рассеять это опасение, и некоторое время большое боярство, кажется, ожидало этого. Один сторонник царя Василия Шуйского, писавший по его внушению, замечает, что большие бояре, князья Рюриковичи, сродники по родословцу прежних царей Московских и достойные их преемники, не хотели избирать царя из своей среды, а отдали это дело на волю народа, так как и без того они были при прежних царях велики и славны не только в России, но и в дальних странах. Но это величие и славу надобно было обеспечить от произвола, не признающего ни великих, ни славных, а обеспечение могло состоять только в ограничении власти избранного царя, чего и ждали бояре. Борису следовало взять на себя почин в деле, превратив при этом Земский собор из случайного должностного собрания в постоянное народное представительство, идея которого уже бродила в московских умах при Грозном, и созыва которого требовал сам Борис, чтобы быть всенародно избранным. Это примирило бы с ним оппозиционное боярство и – кто знает? – отвратило бы беды, постигшие его с семьей и Россию, сделав его родоначальником новой династии. Но «проныр лукавый», при недостатке политического сознания, перехитрил самого себя.

Когда бояре увидали, что их надежды обмануты, что новый царь расположен править так же самовластно, как правил Иван Грозный, они решили тайно действовать против него. Русские современники прямо объясняют несчастья Бориса негодованием чиноначальников всей Русской земли, от которых много напастных зол на него восстало. Чуя глухой ропот бояр, Борис принял меры, чтобы оградить себя от их козней. Была сплетена сложная сеть тайного полицейского надзора, в котором главную роль играли боярские холопы, доносившие на своих господ, и выпущенные из тюрем воры, которые, шныряя по московским улицам, подслушивали, что говорили о царе, и хватали каждого, сказавшего неосторожное слово.